die datei bestimmt ja nur was wann und wo gemountet wird, dein problem ist grub. da gibts noch kein linux in dem sinne...
es wird nur der bootloader angesprochen, der seine daten in /boot hat und den zu bootenden kernel startet. diese daten sucht er anhand menu.lst. wenn sich da die (hd1,2) in (hd0,2) ändert findet er nix und meldet error. wenn in der fstab was geändert wird, dann kommt nach grub ein fehler, aber erst nach grub...
systemplatte sollte immer dranbleiben, wenn möglich an stelle1.
die 2 platten würde ich als reine datenplatten nutzen, welche bei bedarf gemountet werden.