Ist zwar schon etwas spät, aber für alle, die auf dieses Problem aufmerksam wurden habe ich hoffentlich eine Lösung.
Ich hatte hier zwei MacBooks nebeneinander. Auf dem einen lief es ohne Probleme (VLC 2.0.9), beim anderen (VLC 2.1.4) ruckelte es wie bei meinen Vorrednern. Hab dann die Einstellungen verglichen und mir ist aufgefallen, dass die Einstellung unter "alle einblenden" -> Input/Codecs -> Uhrsynchronisation -> Deaktivieren die gewünschte Besserung brachte.
Hoffe das hilft einigen.